Musikunterricht wird in der Merzschule als Fachunterricht in den Klassenstufen 1-4 zweistündig gehalten. Neben der elementaren Musiklehre singen die Kinder dem Jahreskreis folgend Kinder- und Volkslieder sowie Lieder moderner Prägung mit Klavierbegleitung.

Schwerpunkte des Unterrichts sind außerdem Instrumentenkunde mit gelegentlichen Proben- oder Konzertbesuchen eines Stuttgarter Berufsorchesters und der "Jungen Oper Stuttgarts". Bei Werkbetrachtungen werden berühmte Stücke verschiedener Komponisten gehört und analysiert, manchmal werden die Inhalte auch gemalt.

In Spiel und Improvisation auf Orffinstrumenten lernen die Kinder verschiedene Instrumente zu bedienen sowie Feinmotorik und Koordination bei ostinaten Begleitungen zu steuern. Aufgelockert wird der Musikunterricht durch das Tanzen von internationalen Volkstänzen. Besonderer Wert wird auf das Erfahren rhythmischer und musikalischer Elemente durch die Bewegung gelegt.

"Time for music" lautet das Motto der AG (Klasse 4), die sich einmal wöchentlich trifft, um intensiv im Chor zu singen und Folkloretänze zu tanzen.

Das Bläserensemble studiert mehrstimmige Sätze ein, die bei Bedarf zu Feierlichkeiten aufgeführt werden.

Neben der Gestaltung von Festen und der Mitwirkung beim traditionellen Krippenspiel bildet das Abschlussfest der 4. Klassen einen Höhenpunkt im Schuljahr. In einer Musik- und Theateraufführung präsentieren die Kinder alle Fähigkeiten, die sie im künstlerischen Bereich der Grundschule gelernt haben.

An der Merz-Grundschule haben die Kinder der Klassen 2 bis 4 die Möglichkeit am Flötenunterricht teilzunehmen. Der Unterricht findet einmal pro Woche in kleinen Gruppen statt.